食用菌工厂化必需建设洁净室，需要建成洁净室的有：实验室、预冷室、冷却室、接种室。食用菌生产的洁净室除了符合洁净室基本的规范，还要将食用菌生产的理念和生产流程融入到设计中，美克威尔建议在设计食用菌洁净室的时候，一定要有食用菌技术人员参与。建议在食用菌工厂净化装修要注意以下几点：
一、洁净室洁净度等级
食用菌工厂的净化级别需要达到万级标准，高效过滤器出风口需要达到百级。
这个净化标准是普通净化室，食用菌工厂的洁净室，一般物流、人流都较大，而且每天都要有人流和物流。根据菇行天下的经验，万级洁净室在静态状态下，是能够达到万级标准的，当生产的时候，如出锅、冷却、接种的时候尘埃粒子数量迅速增加，无法保证净化级别。
因此，食用菌工厂净化室净化级别最好提高到千级，而且要增加循环风量和循环次数，以保证在生产时动态的净化级别。
二、洁净室加装紫外线杀菌灯和臭氧发生器
食用菌净化室一般不使用药物进行消毒，所以在设计净化室的时候，要安装紫外线灯管或臭氧发生器，用来消毒空间。
三、洁净室地面做耐磨处理
预冷室、冷却室、接种室的地面一定要考虑能否承受周转车车轮的碾压，地面一旦损坏很难修补。普通环氧自流平根本无法承受这种频繁的高强度的碾压，建议做新型耐磨地面，造价高一些，但是坚固耐用。
四、设计10-15%的新风量
在食用菌洁净室循环风中保持10-15%的新风量，能够保证净化室空气清新，环境空气处于动态流动状态，环境指标更稳定。
五、初效过滤器和中效过滤器要便于更换
初效过滤器和中效过滤器一般采用可以清洗材料制作，设计时要考虑方便清洗时拆卸和安装。
六、加大风淋室风量
一般净化公司按照国家标准设计的风淋室风量都偏小，接种室人员流动带入的尘埃数量较多，所以建议加大风淋室的风量。
七、预冷室、冷却室和接种室三个净化室是互通的，要和净化公司说清楚具体工作流程，避免三个净化室压差互相影响。