微生物洁净室是比较复杂的工程，微生物洁净室设计必须要参考到以下几点:
一、平面布局（一级屏障）
设计根据实验场所提供的场地空间，设计微生物实验区，以建筑面积为23m2为例。应设有一个P2主实验室,一个一更缓冲间，一个二更缓冲间，一个洗刷消毒间。
设计充分利用现有的空间，根据国家相关规范和实验场所的特殊要求进行平面布置。考虑生物安全实验室应同时实施一级屏障和二级屏障的要求，其中一级屏障主要体现在微生物实验区的平面布置和维护结构方面，二级屏障主要体现在空调净化系统方面。在平面布置方面把人流和物流分隔开，防止人和物的交叉感染：实验操作人员通过一更缓冲间和二更缓冲间进入P2主实验室；实验物体通过两个互锁式传递窗进出P2主实验室，其中一个互锁式传递窗设在主实验室和准备间之间，另外一个设在主实验室和洗刷消毒室之间，保证了洁净物不受感染，同时保证了污染物尽快传进洗刷消毒室进行消毒灭菌。
整个平面布局完全能够满足国家规范及标准和实验场所最终要求，而且充分利用了实验场所划分的建筑空间，按照实验室操作程序的要求配备了各种功能的房间，操作路线方便快捷，每间实验室的平面尺寸都是按照各种实验功能分配的。
二、围护结构、装潢装饰
设计上将实验室主体框架为彩钢板玻璃隔断，颜色为哑白色，彩钢厚度每面0.426mm，彩钢岩棉夹芯板防火等级为不燃烧；聚苯乙烯彩钢夹芯板防火等级为阻燃。隔断玻璃厚度为5mm；为防止沉积灰尘窗料使用R25mm铝合金圆弧压线；所有二维连接处的内侧均使用R50mm铝合金内圆角，暴露在外的二维连接线的外侧则用R100mm铝合金外圆角连接；彩钢板的三维连接处使用三维接点过渡，而彩钢板与墙面地面则用铝合金槽铝联接。吊顶材料亦为彩钢板。
微生物区室内地面采用进口PVC材质无缝隙焊接、具有耐腐蚀、耐磨性强、平整度好、容易清洗的特性。地面地角线用阴角铝材装饰,美观且严密性好。整体实验室通过科学设计、精心施工、将使实验室内形成坚固、无缝、平滑、美观、不反光、不积尘、不生锈、防潮、抗菌、性能优良的无菌表面和内壳，从而解决了气密性和保洁等问题。所有物料均按设计图纸在工厂加工成型，运至现场组合快速安装而成。室内所有设备均嵌入墙内，使整间实验室墙面均光滑平整无缝，防止积尘，方便清洁、消毒。
三、微生物实验室基本配置
净化实验室除了解决空气净化的问题以外，还要尽可能多的为实验工作提供方便，因此在设计上应考虑一些必备的实验室用器具。
1、互锁式传递窗：在P2实验室配有两个传递窗。保证了实验室物流的安全性。互锁式传递窗内有紫外线灯,当污染过物品拿出实验室前进行消毒.互锁式传递窗还保证了室外和室内空气的隔绝,方便了实验人员的物品传递,减少了实验人员进出实验室的次数.传递窗室内室外都可控制。
2、自动闭门器：根据国家规范要求，在洁净实验室门上安装有自动闭门器。
3、互锁门：主实验室设置一套两门互锁的电子互锁,当其中有一扇门未关时,另外一扇门将无法打开这样就对进入洁净室内的气流起到缓冲作用.互锁门还配置有应急开关,当发生意外事故时,按应急开关方便实验室人员尽快逃离现场。
4、多功能微电脑控制仪：作为实验室的总控制柜，包括温湿度调节及显示、送排风机的起停和起停的顺序、照明开关、紫外灯控制等等。温度调节显示屏可准确地显示实验室内温度,调节方便,温度误差小。
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